Säätiö saa rahoituksensa pääosin valtionapuna. Lisäksi Alko tukee säätiötä. Säätiö on tutkimuksellisesti autonominen.
Säätiön hallituksen jäsenistä sosiaali- ja terveysministeriö nimittää neljä, Tieteellisten seurain valtuuskunta neljä ja valtion alkoholiyhtiö Alko yhden. Hallituksen enemmistön tulee olla alkoholikysymykseen perehtyneitä ansioituneita tieteenharjoittajia.
Säätiö toimii läheisessä yhteistyössä Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) Hyvinvoinnin ja terveyden edistämisen yksikön kanssa. Tutkimusjohtaja on säätiön ainoa vakinainen toimihenkilö, mutta säätiön ja THL:n välisen sopimuksen mukaisesti THL antaa säätiölle hallinnollista ja teknistä apua.
Hallituksen käsiteltäviksi tulevat asiat valmistelee työvaliokunta, joka valitaan hallituksen tutkijajäsenistä. Säätiön vuosiksi 2023–2025 valittujen toimielinten kokoonpano on seuraava:
Puheenjohtaja: Pertti Alasuutari, professori emeritus
Varapuheenjohtaja: Pia Mäkelä, tutkimusprofessori
Jäsenet:
Jussi Kauhanen, professori
Elina Kotovirta, VTT
Solja Niemelä, professori
Iiris Niinikoski, yhteiskuntasuhdepäällikkö
Ilkka Ojanperä, professori
Jaana Rysä, professori
Terhi-Anna Wilska, professori
Puheenjohtaja: Pertti Alasuutari, professori emeritus
Jäsenet:
Ilkka Ojanperä, professori
Jaana Rysä, apulaisprofessori
Terhi-Anna Wilska, professori
Tutkimusjohtaja:
Tomi Lintonen, dosentti